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DNA甲基化實驗操作步驟

2022-05-13 11:52:54

來源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學(xué)整體課題外包平臺

        DNA甲基化實驗步驟由普拉特澤生物總結(jié)分享,上期我們講到介紹完了DNA甲基化的實驗介紹,給第一次接觸這個實驗的科研小白們做了一個簡單的介紹,不記得的可以回去有觀看哦——DNA甲基化實驗介紹》。普拉特澤專業(yè)承接DNA甲基化實驗外包服務(wù),積累豐富的實操經(jīng)驗,今天普拉特澤生物表達檢測平臺深入的分享一下DNA甲基化檢測的操作步驟:

        DNA甲基化檢測第一步:引物設(shè)計

        GenBank上找到待檢基因啟動子區(qū)的原始序列,輸入到“MethPrimer”軟件中,輸入啟動子序列,選擇“Pick primers for bisulfite sequencing PCR?or restriction PCR?”,其他參數(shù)選擇程序默認值,點擊“Submit”,“MethPrimer”軟件即可顯示預(yù)測的啟動子序列的CpG島,及引物的相應(yīng)位置,同時也顯示設(shè)計的BSP引物。選擇多對引物進行預(yù)實驗,最終確定引物序列。

        DNA甲基化檢測第二步:基因組提取

        使用天根的TIANamp Genomic DNA Kit血液/細胞/組織基因組DNA 提取試劑盒(實驗步驟見PDF:TIANamp Genomic DNA Kit),分別提取各樣本基因組。提供的細胞量要求大于10^6個。提取濃度在100-400 ng/μL之間,OD 260/280均在1.8-2.0之間,提取質(zhì)量合格。

        DNA甲基化檢測第三步:亞硫酸氫鈉修飾基因組DNA

        1)將提取獲得的基因組DNA 3μg以無菌雙蒸水稀釋至50μL,然后加入NaOH (終濃度為0.2 M)在42℃水浴變性30 min

        2)依次加入30μL10mM對苯二酚(氫醌)、520μL 3 M亞硫酸氫鈉(pH=5.0要求精準)至上述水浴后混合液中,輕柔顛倒混勻

        3)加入200μL石蠟油,防止水分蒸發(fā),限制氧化;50℃避光水浴16h。

        DNA甲基化檢測第四步:修飾后DNA純化回收

        修飾后的DNA使用純化試劑盒進行過柱純化,回收后用50μl無菌雙蒸水溶解,并測定濃度。

        DNA甲基化檢測第五步:PCR擴增

        PCR引物設(shè)計、退火溫度選擇、Taq酶及Buffer的選擇都會影響擴增的成敗,需要不斷優(yōu)化。


        DNA甲基化檢測第六步:擴增產(chǎn)物回收

        1)將擴增產(chǎn)物進行瓊脂糖凝膠電泳,電泳結(jié)束后,進行膠回收,步驟如下:在紫外燈下,切下包含目的片段的膠條。用天平稱量總重量并減去空管的重量算出凝膠的重量,按100mg=100μL來計算凝膠的體積,并加入1倍凝膠體積的Binging Solution置于65℃水浴鍋內(nèi)將凝膠徹底融化。期間適當(dāng)搖晃EP管,加快凝膠的溶解。

        2)將上述液體全部轉(zhuǎn)移到濾柱內(nèi),13000轉(zhuǎn)離心30S(可重復(fù)一次)。然后棄掉管內(nèi)液體,向柱內(nèi)加入500μLWA Solution,13000轉(zhuǎn)離心30S。棄掉管內(nèi)液體,再向柱內(nèi)加入500μLWash Solution,13000轉(zhuǎn)離心30S(可重復(fù)一次)。然后空離3 min。將濾柱放置在一個新的1.5mL EP管中,室溫晾干。最后在柱子內(nèi)加入35 μLddH2O,靜置5min,13000轉(zhuǎn)離心1.5 min。為了提高回收率,可將溶解的DNA再次加入柱子內(nèi)離心一分鐘。棄掉柱子,即為回收的擴增產(chǎn)物片段,并測定濃度。

        DNA甲基化檢測第七步:進行重組反應(yīng)

        將回收的擴增片段與T克隆載體進行重組,完成回收目的基因與載體的重組過程。

        DNA甲基化檢測第八步:轉(zhuǎn)化

        1)將感受態(tài)細胞置于冰上(4℃)待其自然解凍后,取10μl連接產(chǎn)物加入感受態(tài)細胞中于冰上(4℃)放置30 min

        2)之后于42℃水浴中熱擊90 S。然后迅速置于冰上(4℃)放置2-3 min。

        3)加入500μL不含抗生素的SOC培養(yǎng)基于37℃,225rpm振蕩培養(yǎng)45 min。

        43000轉(zhuǎn)離心2 min,棄掉900μL的上清液,將管底的菌液吹打散開,加入到含有載體上對應(yīng)抗性(氨芐或卡那等)的培養(yǎng)平板中,用滅菌的涂布器涂勻(涂布器的溫度不能太高,以免燙死菌體),倒置于37℃恒溫培養(yǎng)箱內(nèi)過夜培養(yǎng)。

        DNA甲基化檢測第九步:克隆鑒定

        挑起平板多個克隆轉(zhuǎn)化子進行菌落PCR,陽性克隆子再進行測序鑒定,保證最終拿到5個有效樣品測序數(shù)據(jù)。

        好了,實驗步驟的詳細介紹我們就分享到這里了,有看不懂問題的可以留言給客服,技術(shù)會一一解答的哦,當(dāng)然需要DNA甲基化檢測的老師們也歡迎隨時聯(lián)系我們。




        

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