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SNP檢測(cè)方法總結(jié),有你用過的嗎?

2022-08-02 17:56:41

來源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學(xué)整體課題外包平臺(tái)

        大家好!SNP檢測(cè)方法匯總由普拉特澤生物為大家總結(jié)分享,上篇我們分享了SNP檢測(cè)最常用的三種檢測(cè)方法分別是Taqman探針法、直接測(cè)序法和ARMS-PCR法這三種方法,可以回去學(xué)習(xí)哦!普拉特澤生物表達(dá)檢測(cè)平臺(tái)專業(yè)承接SNP檢測(cè)實(shí)驗(yàn)服務(wù),各種方法隨您選擇!

        SNP標(biāo)記具有很大的發(fā)展?jié)摿?,被廣泛應(yīng)用于生物、農(nóng)學(xué)、醫(yī)學(xué)、生物進(jìn)化等眾多領(lǐng)域,在分子遺傳學(xué)、藥物遺傳學(xué)、法醫(yī)學(xué)以及疾病的診斷和治療等方面發(fā)揮著重要作用現(xiàn)在我們就來看看除了最常用的三種檢測(cè)方法,其他的檢測(cè)SNP的方法:

        1、分子信標(biāo)法

        分子信標(biāo)是一段雙標(biāo)記的寡核苷酸探針,其5’末端和3’末端分別標(biāo)記熒光基團(tuán)和淬滅基團(tuán),且探針5’端和3’端的部分堿基可互補(bǔ)配對(duì),從而形成莖環(huán)結(jié)構(gòu),使得熒光基團(tuán)和淬滅基團(tuán)相互靠近而熒光信號(hào)較低。分子信標(biāo)的環(huán)狀結(jié)構(gòu)部分包含SNP檢測(cè)位點(diǎn),當(dāng)模板與分子信標(biāo)環(huán)狀結(jié)構(gòu)的核酸序列完全匹配時(shí),分子信標(biāo)可與模板雜交形成伸展?fàn)顟B(tài),從而導(dǎo)致熒光基團(tuán)和淬滅基團(tuán)的空間距離拉大,熒光信號(hào)增強(qiáng),因此可被儀器檢測(cè),并確定SNP位點(diǎn)。

       2、高分辨率熔解曲法

        高分辨熔解曲線分析技術(shù)(high-resolution melting analysis, HRM)是通過特定染料與擴(kuò)增后產(chǎn)物結(jié)合后形成特定的熔解峰進(jìn)行分析檢測(cè)的方法,其使用的特料為飽和熒光染料,具有更強(qiáng)的DNA結(jié)合能力,且不影響PCR擴(kuò)增,在DNA解鏈過程中也不會(huì)發(fā)生重排,使得熔解曲線具有更高的分辨率。

        3、CAPS法

        酶切擴(kuò)增多態(tài)性序列(Cleaved Amplified Polymorphic Sequence, CAPS),又稱限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性聚合酶鏈反應(yīng)(PCR-RFLP),是PCR技術(shù)與RFLP技術(shù)相結(jié)合的檢測(cè)方法。該方法基于DNA片段在酶切位點(diǎn)上的堿基變異,采用相應(yīng)的限制性內(nèi)切酶,對(duì)該DNA片段的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行酶切,從而產(chǎn)生不同的電泳圖譜,由此確定SNP位點(diǎn)的堿基類型。但是CAPS僅能檢測(cè)位于酶切位點(diǎn)處的SNP,對(duì)于酶切位點(diǎn)以外的SNP則無法檢測(cè)。

        4、SNaPshot法

        SNaPshot是美國(guó)應(yīng)用生物公司(ABI)開發(fā)的一種商業(yè)技術(shù),是基于熒光標(biāo)記的單堿基延伸原理,而建立起來的分型技術(shù),該方法也被稱為小測(cè)序。其引物設(shè)計(jì)的關(guān)鍵是延伸引物的3’末端應(yīng)緊挨著SNP位點(diǎn),同時(shí)對(duì)不同SNP位點(diǎn)可設(shè)計(jì)不同長(zhǎng)度的延伸引物,這樣便可通過引物長(zhǎng)度區(qū)分SNP位點(diǎn)。

        5、質(zhì)譜法

        質(zhì)譜法是基于基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時(shí)間質(zhì)譜技術(shù)(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry, MALDI-TOF MS)的檢測(cè)方法,其檢測(cè)過程中,需通過激光激發(fā)DNA分子片段, 再利用飛行時(shí)間判斷DNA片段的分子量大小,從而確定SNP位點(diǎn)。其檢測(cè)原理同樣使用了單堿基延伸技術(shù),在多重PCR擴(kuò)增時(shí),其擴(kuò)增產(chǎn)物將在SNP位點(diǎn)上終止延伸,形成不同分子量的檢測(cè)產(chǎn)物,再利用質(zhì)譜分析獲得圖譜,而不同分子量的延伸產(chǎn)物,在其對(duì)應(yīng)的分子量位置上可查看檢測(cè)峰圖,由此確定SNP位點(diǎn)。

        6、KASP法

        KASP(Kompetitive Allele-Specific PCR)是基于引物末端堿基的特異性匹配對(duì)SNP進(jìn)行檢測(cè)的方法,該方法在引物和探針設(shè)計(jì)上與常規(guī)熒光PCR不同,首先需針對(duì)SNP的等位基因設(shè)計(jì)兩條對(duì)應(yīng)的上游引物,引物3’末端分別位于各自的SNP位點(diǎn)上,同時(shí)引物5’端各自帶有一段獨(dú)特的標(biāo)簽序列,而下游引物則是一條常規(guī)設(shè)計(jì)共用的引物;其次,設(shè)計(jì)兩條與上游引物標(biāo)簽序列一致的熒光探針,探針的5’端分別標(biāo)記不同的熒光基團(tuán),同時(shí)對(duì)應(yīng)于熒光探針設(shè)計(jì)各自互補(bǔ)配對(duì)的淬滅探針,并在淬滅探針的3’端標(biāo)記淬滅基團(tuán)。由此,在擴(kuò)增未開始時(shí),熒光探針與淬滅探針結(jié)合,熒光基團(tuán)與淬滅基團(tuán)相互靠近,而無法產(chǎn)生熒光信號(hào)。當(dāng)設(shè)計(jì)的上游引物中有一條或兩條與模板完全匹配時(shí),則可啟動(dòng)擴(kuò)增,其擴(kuò)增產(chǎn)物再結(jié)合下游引物進(jìn)行擴(kuò)增,則形成含有標(biāo)簽序列的DNA片段;該帶有標(biāo)簽序列的DNA片段可與熒光探針結(jié)合,而熒光探針3’端可作為引物啟動(dòng)擴(kuò)增,最后形成帶有熒光標(biāo)記的擴(kuò)增產(chǎn)物,而且熒光探針對(duì)應(yīng)的淬滅探針則在擴(kuò)增過程中被切割掉,從而使得擴(kuò)增過程的熒光信號(hào)增強(qiáng),可對(duì)SNP位點(diǎn)進(jìn)行檢測(cè)。

        7、基因芯片法

        基因芯片(gene chip)是指將大量針對(duì)SNP的寡核苷酸探針高密度地固定在一固相支持物表面,從而形成多重寡核苷酸微陣列,而經(jīng)熒光染料標(biāo)記后的待測(cè)DNA片段,與芯片上固定好的探針陣列進(jìn)行雜交反應(yīng),核酸片段只與其序列完全互補(bǔ)配對(duì)的探針雜交,不與含有單個(gè)錯(cuò)配堿基的序列雜交,從而將目標(biāo)序列固定下來,再通過清洗去除非目標(biāo)片段,最后通過掃描檢測(cè)芯片上的熒光信號(hào),由此確定SNP位點(diǎn)。

        好啦,那所有的SNP單核苷酸多態(tài)性我們就介紹到這里啦!如果您還有其他方法或者需要SNP實(shí)驗(yàn)外包,歡迎留言哦~

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